第22集：（本季终）林肯和蜂巢同归于尽

黛西跪求蜂巢重新接纳自己，蜂巢先是狐疑但很快同意。他将手放到黛西脸颊，但马上又抽回了手。因为他发现黛西有了免疫力。黛西趁其不备，对他发动了攻击，但最终被营救蜂巢的詹姆斯等人擒获并带走。留在神盾局的原始异人们继续对神盾局的人进行攻击，埃琳娜为了保护迈克中弹倒下了。这些异人们唯一的缺陷是视力差，聪明的西蒙斯发现这点后，调高了温度，这些异人们于是变成了睁眼瞎。

梅和菲茨进了和风，菲茨机智地击毙了吉耶拉，并救出了黛西。蜂巢让詹姆斯找到他们。菲尔也驾机追了过来，为了避免更多特工们受伤，他留下了迈克他们，独身前去配合梅和菲茨。但队员们显然不甘自己怕局长如此受伤，最终他们设下了更好的计谋。

当菲尔出现在蜂巢面前时，蜂巢从新沃德的样子变回本相，因为他迫不及待地想占有菲尔的身体和记忆，从而以菲尔的面目出现，号令神盾局。谁知这一切早在预料中，他面前的菲尔只是个全息影像，用来分散他注意力的。神盾局的人已经登舱并和梅黛西他们会合了。

黛西明了了自己的命运， 她决定将装有弹头的部分带入太空，然后引爆拯救地球上的人们。林肯发现了她的决定，利用手动装置，率先升入太空，选择了自我牺牲替黛西完成使命。黛西心痛欲碎，她觉得他是在为她曾犯下的错付出代价，菲尔安慰她说，是为所有人的错。太空中，林肯在为自己能同时拯救世界和自已所爱的女人而欣慰。

林肯与蜂巢一同在太空中爆炸了。神盾局的特工们全都垂下了头。悲哀在所有人心中漫延。

六个月后，迈克和菲尔按命令等待抓捕黛西，神盾局的人就要被分流了，两人对自己将来会被安排到什么地方也并不清晰。黛西不断地利用自己的异能在银行做案。她用这笔钱帮助了能预示未来的死去的异人的妻女，在菲尔和迈克抓到她之前，成功逃脱。